Увеличилось расстояние между молекулами ртути вследствие увеличения температуры. Это привело к увеличению объёма ртути в термометре, поэтому столбик термометра поднялся. Объём молекул (расстояние между составляющими их атомами) не изменился, так же как и их число, т.к. термометр герметичен и ртути неоткуда взяться и некуда испариться.